《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》（國家稅務(wù)總局公告2012年*57號）*十條規(guī)定：匯總納稅企業(yè)匯算清繳時(shí)，由總機(jī)構(gòu)匯總計(jì)算企業(yè)年度應(yīng)納所得稅額，扣除總機(jī)構(gòu)和各分支機(jī)構(gòu)已預(yù)繳的稅款，計(jì)算出應(yīng)繳應(yīng)退稅款，按照規(guī)定的稅款分?jǐn)偡椒ㄓ?jì)算總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)的企業(yè)所得稅應(yīng)繳應(yīng)退稅款，分別由總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)就地辦理稅款繳庫或退庫。同時(shí)明確：涉及退稅時(shí)，也可經(jīng)總、分機(jī)構(gòu)同意后分別抵繳其下一年度應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款。*十一條規(guī)定了總分支機(jī)構(gòu)匯算清繳時(shí)應(yīng)報(bào)送的申報(bào)表、財(cái)務(wù)報(bào)表及其他相關(guān)料。        

匯算清繳的主體仍然是總機(jī)構(gòu)，分支機(jī)構(gòu)并不需要進(jìn)行年度納稅調(diào)整，自行計(jì)算應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納稅額，只是根據(jù)總機(jī)構(gòu)填報(bào)的分配表中應(yīng)繳應(yīng)退的稅款，就地申報(bào)補(bǔ)退稅。為了保證匯繳工作的順利進(jìn)行，也需要分支機(jī)構(gòu)填列年度納稅申報(bào)表，但只需要填列有限的幾項(xiàng)，與總機(jī)構(gòu)的年度納稅申報(bào)完全是兩個(gè)概念。同時(shí)，為便利就地實(shí)施稅務(wù)檢查，也需要分支機(jī)構(gòu)報(bào)送參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明，該說明由總機(jī)構(gòu)確認(rèn)后提交，涉及需由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算調(diào)整的項(xiàng)目不進(jìn)行說明。

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